航空运输系是适应我国民航事业蓬勃发展而建立的，下设空中乘务、民航商务、航空机电设备维修等三个民航专业。由于旅游业与民航业的联系紧密，所以旅游管理专业也设在该系。
　　航空运输系的四个专业都实行“2+1”的办学模式，即大学阶段的前两年学习公共基础课、专业基础课和专业课，第三年进入企业实习，增强实践能力，实现学校教学与企业需要的无缝对接。